L'allestimento è stato concepito come un “racconto” in grado di presentare in un quadro unitario e al tempo stesso suggestivo le molteplici testimonianze che compongono le collezioni del museo. Per creare un forte richiamo al territorio comacchiese, l'acqua e il legno sono i riferimenti simbolici che caratterizzano maggiormente il progetto. I lavori di allestimento del museo sono iniziati nel settembre 2016 e si sono conclusi nel marzo 2017. Il percorso museografico è stato ideato e realizzato dagli architetti Michela Biancardi, Angela Cazzoli, Nike Maragucci, Alessandro Tricoli e Rita Zambonelli, gruppo risultato vincitore al concorso di idee bandito dal Comune di Comacchio nel gennaio 2014. Il team è stato coadiuvato in fase progettuale dall’archeologa Gaia Cammarata e in fase di cantiere dall’architetto Camilla Fabbri.