Completati gli interventi di restauro del complesso monumentale, nel marzo del 2012 viene redatto il progetto per l’allestimento e l’attivazione del Museo storico-archeologico e della ceramica e presentato nel bando per la “Riqualificazione e valorizzazione del sistema museale” della Regione Puglia. Classificatosi al primo posto nella graduatoria su 144 progetti di musei, il progetto è ammesso a finanziamento nel marzo del 2013. Il Museo di Torre Alemanna è stato inteso con una visione organica delle tre componenti architettoniche dell’antico aggregato masseriale. Evidentemente ognuno, con le proprie peculiarità (caratteristiche dimensionali ed architettoniche, emergenze storico-artistiche, vocazioni funzionali, opportunità di sicurezza, ecc.), ha suggerito una opportuna distribuzione delle funzioni legate all’attività museale che, in sintesi, possono intendersi di tre livelli: espositivo-fruitiva, tecnico-esecutiva e di servizio. L’approccio all’istituzione del Museo è stato quello di offrire una duplice opportunità: la musealizzazione dei numerosi reperti ceramici rinvenuti nel sito e la fruizione dell’intero complesso architettonico tardo medioevale, unica antica sede teutonica ancora intatta nell’area mediterranea. I sistemi di allestimento del museo, così come l’intero impianto museale, ivi compresi le sezioni informatiche ed i laboratori, sono stati realizzati seguendo criteri mirati a garantire la tutela, la valorizzazione e la promozione del bene Torre Alemanna e del suo patrimonio. Particolare cura è stata prestata nella progettazione delle strutture espositive, al fine di garantire i requisiti qualitativi (disponibilità, flessibilità, attrezzabilità, funzionalità, controllabilità, manutenibilità, accessibilità, riconoscibilità) indicati dal Ministero per i Beni e le Attività Culturali e costruire, anche attraverso il design, una immagine unica e connotata del museo di Torre Alemanna, quasi a perpetuare la originalità della produzione ceramica, ritenuta autoctona nelle sedi scientifiche.